，创新优势是区域经济的驱动力，是高新技术产业赖以发展的基石，是经济发展的内在动力。作为20世纪人类在科技成果转化和产业化方面的一次重要创新，孵化器为区域经济注入了新的活力，并通过培育区域创新主体、推动科技型小企业集聚、对高科技小企业的定向培育、为技术创新主体提供完善的服务等途径，实现其提升区域创新优势的目的。可以说，孵化器乃提升区域创新能力的重要途径。 1.培育区域创新主体。孵化器通过对在孵科技型企业以及企业家的培育，实现了对创新主体的专业化培育。通过“申请、挑选、批准、培训、毕业”，最终向区域经济系统输出有竞争力的企业，并培养出具有创新意识和冒险精神的企业家。技术创新主体可以是中小企业、大企业，也可以是科研院所、高等院校等研究开发机构。不同时期或不同社会经济条件下创新主体可能不同，这取决于社会文化环境、经济发展水平、市场发育程度和技术的市场交易费用。在我国现实条件下，技术创新的主体主要是少数大型企业和大量的小型科技企业以及新兴的企业家群体。
2.推动科技型小企业集聚。企业孵化器具有集聚科技型小企业的显著特点，为科技型小企业提供可以负担的物理空间，使众多科技型小企业集聚在一起，获得最佳的信息、咨询服务，打通与政府的联系渠道。第一，共用研究与咨询。新建科技型小企业或已运行的科技型小企业，需要接受技术、法律、市场等方面的咨询，需要不断开发与更新产品、改进产品设计方案等等。第二，相互交流。由于企业孵化器有确定的企业接纳标准，孵化企业之间共同之处颇多。在共同的空间进行研发、生产与经营活动，接受同一主体的服务，有利于企业间的信息交流。在实际运营中，许多企业孵化器经常组织文娱、体育活动，有意识地促进孵化企业的文化交流乃至合作。