幼年孤独症的发病原因，可能是由于脑组织的变态反应所致。最近的研究证明，患幼年孤独症的儿童，其免疫系统可能将一个基本的脑蛋白误为异体，而被吞噬掉。因此导致
脑损伤，可能是造成此病的特征。此病同时出现情绪、智力和交际的缺陷，亦是与脑病变有关。
幼年孤独症的主要症状就是不与别人交往和建立正常的社会关系。过去认为，这是由于冷淡的和过分理智化的抚育方法所造成的，现在，否定了这种看法。经研究证实，是由于某种脑病变的关系，其发生原因，是病毒，还是代谢失调，目前尚无定论。
【 2003-05-21 】
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